Pondok pesantren Rafah berdiri di bawah naungan Yayasan Ar-Rahmah yang didirikan pada 1999 dengan pemimpin yakni KH Muhammad Zein.
Pesantren ini memiliki misi melahirkan kader ulama intelek dengan manhaj Ahlussunnah Wal Jama’ah.
Terhitung mulai dari 2009-2010 Pondok Pesantren Rafah membuka kurikulum pendidikan Tarbiyatul Mu'allimin Al Islamiyah dengan program reguler MTS dan MA dan jenjang pendidikan 6 tahun untuk lulusan MI/SD.
Dimulai tahun ajaran 2011-2012 dibuka program intensif/MA dengan masa belajar 4 tahun bagi lulusan SMP/MTS, adapun beberapa program lain seperti hafalan Al-Qur’an, penggunaan Bahasa Inggris sehari-hari, praktek organisasi, dll.
3. Pondok Pesantren Modern Ar-Ridho
Pondok pesantren ini merupakan alumni dari pondok pesantren Darussalam Gontor Mlarak Ponorogo yang dirilis oleh KH. Asmuni bin H. Rohili sejak tahun 2011 dan resmi berdiri pada 20 sya’ban 1433 H/ 1 Juli 2012.
Pondok Pesantren Modern Ar-Ridho Sentul berdiri dibawah naungan Yayasan Ar-Ridho Palmerah Jakarta dengan kiprah yayasan yang tidak perlu diragukan lagi karena yayasan ini bekerja sama dengan Yayasan Palmerah Al-Azhar Jakarta.
Pondok pesantren ini menjadi salah satu pondok pesantren yang terkemuka dengan sistem yang modern dan mampu melahirkan pendidikan Islam yang global.
4. Pondok Pesantren Darussalam Bogor
Pondok pesantren ini berdiri pada tahun 1992, dan menepati sebuah tanah wakaf yang telah memiliki kekuatan hukum yang tetap dari kepala kantor pertanahan Kabupaten Bogor.
Diketahui bahwa dulunya Pesantren Darussalam Bogor didirikan atas dasar kepedulian para alumni pondok Modern Gontor terhadap masalah pendidikan yang ada disana.
Kiprah pondok pesantren satu ini sudah sangat berkembang, pesantren ini telah banyak meluluskan alumninya yang mampu bermasyarakat dengan baik dalam berbagai profesi dan kegiatan.
5. Pondok Pesantren Modern Sahid
Pondok pesantren ini berada di Jalan KH Abdul Hamid Km.6 Gunung Menyan Kecamatan Pamijahan, Bogor Jawa Barat 16810.
