Di pesantren ini, para santri akan di didik menggunakan sistem salaf dan sistem Pendidikan modern sehingga model pembelajarannya cukup berbeda dari pesantren pada umumnya.
Pesantren Al-Istighotsah Setu memiliki jenjang Pendidikan formal lengkap mulai dari MI hingga MA. Sementara untuk Pendidikan non-formalnya, tersedia majelis taklim dan tahfidz Al-Quran.
4. Pesantren Attaqwa
Pesanten Ataqwa menjadi salah satu pesantren tertua di Bekasi. Didirikan oleh Pahlawan Nasional KH Noer Alie pada ttahun 1940. Pesantrn Attaqwa awalnya adalah sebuah masjid tempat tinggal mengaji para santri.
Pada akhirnya masjid tersebut berubah menjadi sebuah pesantren dan terus berkembang pesat. Berdiri diatas lahan seluas 24 hektare. Pesantrn Attaqwa merupakan pesantrn terbesar di Bekasi.
Menariknya, pesantren ini mengkombinasikan kurikulum pemerintah serta kurikulum luar negeri dari Al-Azhar Mesir dan Cambridge.
5. Pesantren Hidayatunnajah
Pesantren Hidayatunnajah didirikan oleh Ustadz Mahrus Amin pada 1989. Pesantren ini awalnya bernama Annajah. Tetapi berubah menjadi Hidayatunnajah pada tahun 2008. Seiring perubahan kurikulum, tata tertib, serta manhaj atau kaidah pelajaran ilmiahnya.
Berdiri diatas tanah wakaf seluas 8,4 hektare, pesantren Hidayatunnajah memadukan berbagai kurikulum dari Badan Standar Nasional Pendidikan (BNSP).
Pesantren Hidayatunnajah pun menyediakan berbagai jenjang pendidikan mulai dari PAUD, TK, SD, MTs, MA, Diploma 2, hingga Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Hidayatunnajah (S1).***